L’attuale assetto della giustizia tributaria di merito è frutto della riforma del 1992, attuata a decorrere dal 1° aprile 1996 che ha confermato l’istituzione di una autonoma giurisdizione tributaria, in coerenza con la VI disposizione transitoria della Costituzione, che disciplina le giurisdizioni speciali.

Il sistema della giustizia tributaria è costituito dall’insieme degli organismi che in base alla legge si occupano della giurisdizione tributaria.

Le Corti di Giustizia Tributaria di primo grado presenti in ciascun capoluogo di provincia giudicano in primo grado mentre le Corti di Giustizia Tributaria di secondo grado con sede in ciascun capoluogo di regione giudicano in appello.

La funzione giudicante delle Corti di Giustizia Tributaria è svolta da un collegio di tre giudici presieduto da un presidente di sezione, ovvero da un giudice monocratico per il giudizio di ottemperanza fino a 20.000 euro e comunque per le spese di giudizio. A capo di ogni Corte di Giustizia Tributaria è preposto un magistrato in servizio o in pensione.

La funzione amministrativa di supporto all’attività giurisdizionale è svolta dal personale dell’ufficio di segreteria delle Corti di Giustizia Tributaria che dipende dal Dipartimento delle Finanze del Ministero dell’Economia e delle Finanze (MEF). A capo di ogni Ufficio di segreteria è preposto un Direttore.

La Direzione della Giustizia Tributaria del Dipartimento delle Finanze coordina l’attività degli Uffici di segreteria delle Corti di Giustizia Tributaria.

L’organo di autogoverno della magistratura tributaria è il Consiglio di Presidenza della Giustizia Tributaria.